We wrześniu 1980 r. została wydzielona z terenu parafii Wniebowzięcia NMP samodzielna placówka duszpasterska pw. św. Rodziny. Budowę kościoła na Osiedlu Białostoczek ujęto w planie rozbudowy miasta już w grudniu 1981 r. W 1982 r. powstała parafia pw. św. Rodziny wydzielona z parafii Wniebowzięcia NMP i św. Rocha. Pierwszym proboszczem został ks. Zbigniew Krupski. Konkurs na projekt kościoła wygrali mgr inż. Andrzej Nowakowski z Białegostoku i mgr inż. Janusz Pawłowski z Olecka. 27 kwietnia 1984 r. poświęcono teren pod budowę kościoła, a 17 maja 1984 r. parafia otrzymała pozwolenie na budowę kościoła i budynku katechetycznego.

W początkowej fazie życia parafii nauka religii odbywała się w zaadaptowanej stodole usytuowanej na terenie przykościelnym. Natomiast szopę przeznaczoną wcześniej na składowanie materiałów budowlanych przystosowano na tymczasową kaplicę. Msze św. były w niej odprawiane w niedziele i święta. We wrześniu 1986 r. został oddany do użytku budynek katechetyczny, zaś 22 grudnia 1986 r. Bp Edward Kisiel poświęcił nowy kościół pod wezwaniem Miłosierdzia Bożego przy ul. Radzymińskiej 1. 24 czerwca 1990 r. z parafii św. Rodziny powstała parafia pw. Miłosierdzia Bożego obejmujmująca teren Osiedla Białostoczek.

30 listopada 1988 r. zostały przeniesione z cmentarza Farnego doczesne szczątki Sługi Bożego ks. Michała Sopoćko i umieszczone w specjalnej krypcie w dolnym kościele Sanktuarium. 21 listopada 1993 r. J.E. Ks. Arcybiskup Stanisław Szymecki - Metropolita Białostocki, poświęcił obraz i umieścił w dolnym kościele relikwie Błogosławionej Siostry Faustyny .

Kościół jest jedynym w swoim rodzaju na świecie Sanktuarium Miłosierdzia Bożego, w którym znajdują się relikwie Błogosławionej siostry Faustyny i doczesne szczątki Sługi Bożego ks. Michała Sopoćko.

Cechą charakterystyczną parafii jest kult Miłosierdzia Bożego. Msze św. z Koronką do Miłosierdzia Bożego odbywają się w każdy wtorek o godz. 18. z udziałem młodzieży, a w czwartek o godz. 18.00 i w niedzielę o godz. 15.00 dla wszystkich Czcicieli Miłosierdzia Bożego. Główny odpust wspólnota parafialna przeżywa w drugą niedzielę wielkanocną ogłoszoną przez władze kościelne jako Święto Miłosierdzia Bożego. Doniosłym wydarzeniem w parafii było przeniesienie w 1996 r. Ołtarza Papieskiego z lotniska Areoklubu Białystok na Osiedle Biało-

stoczek. Został on usytuowany przy kościele Miłosierdzia Bożego. Główne uroczystości przy ołtarzu z udziałem władz miejskich, duchowieństwa i licznie zebranych wiernych odbyły się 5 czerwca 1996 r. w 5 rocznicę przyjazdu Ojca Świętego do Białegostoku. Od tego dnia codziennie przy Ołtarzu Papieskim o godz. 21.00 odbywa się